Прокопьева основала «Крепостной балет» в 1995 году в Улан-Удэ. Начала с преподавательской деятельности на кафедре хореографии в Институте культуры и искусств (вела современную хореографию и искусство балетмейстера на актерских и режиссерских курсах). Благодаря совместной работе со студентами образовался круг искренне заинтересованных людей в развитии еще не оформившегося в России танцевального жанра модерн. Возникла идея объединить современный танец, режиссуру и актерское мастерство, и Прокопьева организовала Лабораторию Современного Танца.

Первый же спектакль театра «Я рисую любовь» (1995) стал заметным событием в мире российского современного танца. Затем последовали балеты «Зал ожидания» (1996), «Банальная сказочка для взрослых детей» (1998). В 2000 году спектакль «Любовь моя, цвет зеленый» (по мотивам пьесы Гарсиа Лорки «Дом Бернарды Альбы») номинировался на Национальную театральную премию «Золотая маска» (номинация «Лучший спектакль в жанре современного танца»). В 2001-2002 Прокопьева работает в Москве и выпускает постановки «Пикник» и «Мы двое».

Начиная с 1997 года спектакли «Крепостного балета» - постоянные участники российских и зарубежных конкурсов и фестивалей современного танца, где неоднократно удостаивались престижных премий и дипломов первой степени в номинациях «Лучший спектакль», «Лучшая мужская роль», «Лучшая женская роль», «Лучший танцевальный спектакль».

В настоящее время Прокопьева живет и работает в Петербурге. В репертуаре ее труппы два спектакля: одноактные модерн-балеты «Дождись ангела» и «Она едет на велосипеде…» (спектакль-номинант на Национальную театральную премию «ЗОЛОТАЯ МАСКА» 2006 в номинациях «Лучший спектакль» и «Лучшая работа балетмейстера-хореографа»). Зимой этого сезона «Крепостной балет» готовится выпустить премьерный спектакль «Приступ нежности».

Прокопьева легко идет на эксперименты, поэтому ее театр синтетический: он сочетает в себе кино, изобразительное искусство, фотографию, музыку. Так, например, ей были созданы спектакли по мотивам произведений Моне, Лотрека, Ренуара и других художников. Популярный московский музыкальный дуэт «Белый острог» неоднократно писал музыку к работам «Крепостного балета». Помимо этого театр постоянно сотрудничает с известным петербургским фотографом Евгением Мохоревым.

Одновременно с работой в «Крепостном балете» Елена Прокопьева уже несколько лет ставит спектакли для международной детской благотворительной организации «Упсала-Цирк», а также создает хореографию для различных драматических театральных проектов Санкт-Петербурга. Так, например, за сезон 2006-2007 Прокопьева осуществила постановку хореографии к спектаклям «Идиот» в Челябинском Драматическом Театре, «Макбет» (реж. А.Утеганов) и «Саранча» (реж. А. Бубень) в репертуаре Театра Сатиры на Васильевском (Санкт-Петербург).